Desde que você saiba os nomes de domínio em que está interessado, whois é a resposta correta, pois identificará os domínios registrados, mesmo que eles não sejam delegados (ou seja, mesmo que o DNS não esteja configurado para eles).
Você pode fazer um script bem fácil, ainda que grosseiramente com o bash e eu ficaria muito surpreso se não houvesse bibliotecas para interrogar whois em perl, python, etc., se você quisesse fazer buscas / relatórios menos crus.
Se você não tem uma lista de domínios específicos nos quais está interessado, acho que você está sem sorte.
É claro que você pode, de alguma forma, gerar uma lista de domínios para pesquisar com base em palavras-chave / suas marcas registradas e, em seguida, consultar whois.