Sim, todo o software funcionará entre ambientes de área de trabalho com poucos problemas.
Mas ...
Digamos que você esteja usando o Xfce (GKT2) e queira instalar o software criado para o GNOME Shell (GTK3), todas as bibliotecas necessárias para executar esse aplicativo serão baixadas (e isso pode ser "muito" ), o mesmo vale para outros ambientes de desktop.
Isso não prejudicará seu sistema, mas pode ser muito em comparação com o tamanho do aplicativo que você deseja usar.
Um exemplo: Digamos que eu queira instalar o Kate (o belo editor de texto do KDE, com menos de 1 MB para o aplicativo em si) no meu desktop limpo do Ubuntu. Ele vai puxar 65MB de pacotes e no final vai ocupar mais de 180MB no total, porque ele puxa muitas dependências:
consolekit docbook-xml docbook-xsl kate-data katepart kde-runtime kde-runtime-data kdelibs-bin kdelibs5-data kdelibs5-plugins kdoctools kubuntu-debug-installer libattica0.4 libdlrestrictions1 libepub0 libgpgme++2 libkactivities-bin libkactivities-models1 libkactivities6 libkateinterfaces4 libkatepartinterfaces4 libkcmutils4 ibkde3support4 libkdeclarative5 libkdecore5 libkdesu5 libkdeui5 libkdewebkit5 libkdnssd4 libkemoticons4 libkfile4 libkhtml5 libkidletime4 libkio5 libkjsapi4 libkjsembed4 libkmediaplayer4 libknewstuff3-4 libknotifyconfig4 libkntlm4 libkparts4 libkpty4 libkrosscore4 libktexteditor4 libkubuntu0 libkxmlrpcclient4 libnepomuk4 libnepomukcleaner4 libnepomukcore4abi1 libnepomukquery4a libnepomukutils4 libntrack-qt4-1 libntrack0 libpam-ck-connector libphonon4 libplasma3 libpolkit-qt-1-1 libpoppler-qt4-4 libqapt2 libqapt2-runtime libqca2 libqjson0 libqmobipocket1 libqt4-qt3support libsolid4 libsoprano4 libstreamanalyzer0 libstreams0 libthreadweaver4 libvirtodbc0 libzip2 nepomuk-core-data nepomuk-core-runtime ntrack-module-libnl-0 oxygen-icon-theme phonon phonon-backend-gstreamer phonon-backend-gstreamer-common plasma-scriptengine-javascript qapt-batch sgml-data shared-desktop-ontologies soprano-daemon ttf-dejavu-core virtuoso-minimal virtuoso-opensource-6.1-bin virtuoso-opensource-6.1-common
Quero dizer, o que é 180MB agora por dia? Não muito, mas comparado com o 1MB que o aplicativo realmente é ... Não faz muito sentido e levará a maioria dos usuários a procurar alternativas em outros lugares.