Desconfortavelmente depois de seguir o conselho de todos aqui, os problemas voltaram depois de cerca de uma semana. Nós apenas vivemos com ele enquanto nos preparávamos para reconstruir o servidor.
Enquanto estávamos nos preparando para a reconstrução, a PSU no servidor morreu. Eu aproveitei a oportunidade para atualizá-lo para uma fonte de alimentação de 1kw e baixo e eis que todos os problemas desapareceram !
Eu suspeito que uma atualização recente de 4 para 16Gb de RAM tenha extraído muita energia e não tenha deixado o suficiente para o sistema funcionar corretamente.