Aprenda a usar seu gerenciador de pacotes. Eles são bons, eles vão fazer as coisas certas mais frequentemente do que não. Windows Não possui um gerenciador de pacotes sensato. Ao usar seu gerenciador de pacotes, ele pode informar quando as atualizações de segurança estão disponíveis. Permite a fácil remoção. Outras pessoas familiarizadas com essa distribuição estarão familiarizadas com os locais onde as coisas foram instaladas. Você será mais capaz de usar a documentação on-line e a comunidade da sua distribuição. Estes estarão menos disponíveis se você fizer tudo sozinho. Só faça da maneira manual se sua distro não fornecer o que você precisa (e mesmo assim eu recomendo aprender a empacotá-la você mesmo e ainda usando o gerenciador de pacotes).