O problema não era que o php não estava incluindo os arquivos .ini adicionais no final.
Eu recompilei o php e notei que o comando 'make install' não foi concluído. O erro produzido foi:
apxs:Error: Activation failed for custom /etc/apache2/httpd.conf file..
apxs:Error: At least one 'LoadModule' directive already has to exist..
Como o Apache vem com o apache2.conf, que inclui as diretivas do módulo e o httpd.conf, o httpd.conf está, de fato, vazio.
Adicionando simplesmente:
# Dummy LoadModule directive to aid module installations
# LoadModule dummy_module /usr/lib/apache2/modules/mod_dummy.so
para o httpd.conf permite que as apxs sejam executadas sem erros e a instalação completa do php seja concluída com sucesso.
Os drivers do PDO estavam então disponíveis no CLI, bem como via Apache.
Como radius sugeriu, em essência, eu não estava usando um bom binário. Obrigado pela sua ajuda.