Para finalizar uma instância enraizada do EBS, você precisa encerrar a instância e também remover o armazenamento do EBS, embora isso não torne a instância recuperável, é claro.
Toda vez que uma nova instância do EBS é gerada, uma cópia do instantâneo inicial é gerada em um volume do EBS que será usado como raiz para essa instância.
Eu acho que é praticamente tudo que é necessário, eu nunca tive que remover um por mim, então deixe-me saber como está indo!