Não, essas são praticamente suas opções. Mas eu acho que você está exagerando os problemas da opção (3), porque em geral é o que os backups são - você não pode garantir que as cópias que você faz de qualquer arquivo no sistema de arquivos seriam compreensível para qualquer processo que o utilize (por exemplo, se você copiar o diretório de dados do MySQL enquanto o MySQL estiver rodando, o MySQL pode não ser capaz de ler esses arquivos novamente na restauração).
A única preocupação adicional com a opção (3) ao fazer um backup no domínio é que o sistema de arquivos não estará necessariamente em um estado adequado para ser lido; Na minha experiência, isso não é algo que acontece muito (especialmente quando você está fazendo o backup nas primeiras horas), e pode ser mitigado com uma verificação fsck antes de fazer o backup. Os backups no domínio ainda são o melhor caminho a percorrer, IMO.