Você não deve definir registros A para IPs estáticos para o Google App Engine. Defina um CNAME para o subdomínio "www" para ghs.google.com, como você diz, verifique se tudo está configurado corretamente no Google Apps e dê 24 horas ou mais para garantir que tudo seja propagado. Se você quiser que o domínio 'naked' redirecione para o domínio www, use os recursos de redirecionamento do GoDaddy para conseguir isso.