/usr/share/package-name/ é o caminho a percorrer; pacotes são feitos de arquivos de controle e conteúdo e nada mais.
As configurações realmente complicadas como exim4-config , ldap-auth-config e krb5-config obtêm seus próprios pacotes para manter scripts de configuração e conffiles semi- gerados. Coisas como ebox também são em grande parte geradores de configuração.