Essa configuração tem muitos componentes e decisões de design que contribuem para seu desempenho insatisfatório.
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O HP Microserver é um item de baixo desempenho. CPU com restrições de RAM e de baixo custo.
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As unidades Western Digital Green têm RPM baixo e requerem consideração especial para sua formatação no setor 4k. Esse é provavelmente o principal problema.
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Parece que você pode estar usando o RAIDZ1 em três discos. O desempenho aleatório de leitura / gravação sob essa configuração também é bastante baixo. Espere ver o desempenho de um único disco em ambos os casos.
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Sem dispositivo de armazenamento em cache / ZIL.
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1GbE O iSCSI para um iniciador de software do Windows não é excelente.
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O VMware Workstation definitivamente não ajuda.
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Certos atributos do ZFS podem funcionar contra você aqui: dedupe é ruim. A compactação gzip é ruim (o lz4 está bem). Demasiada RAM alocada para ARC é ruim.