O Zoredache forneceu o ângulo que eu precisava - o CFEngine estava sendo executado na máquina e um processo foi configurado para garantir que as ferramentas VMWare fossem instaladas.
Executando o vSphere Client 5.5 e tentando atualizar as máquinas virtuais do Linux que estavam na versão mais antiga das ferramentas VMWare. Todas as VMs do Linux são o RedHat v5.0. Eu passo pelo processo de instalação automática do VMWare e tudo é concluído conforme o esperado. Execute a verificação da versão das ferramentas VMWare na linha de comando na minha caixa linux e obtenha a nova versão. No entanto, durante a noite, algo acontece (não sei ao certo o quê) e as ferramentas são rebaixadas para sua versão anterior em todas as caixas de linux.
Eu tentei a atualização automática das ferramentas VMWare do cliente vSphere, a atualização manual, tudo parece funcionar bem sem mensagens de erro e, finalmente, acabar com a versão correta logo após a atualização, mas depois de tantas horas parece reverter para a versão antiga. Isso só acontece nas VMs do Linux, já que todas as versões antigas das VMs do Windows estão atualizando bem e mantendo a atualização. Eu olhei nos logs nas tarefas do vSphere e nos logs do sistema RedHat e nenhum deles parece ter algo que indique um gatilho desse tipo de downgrade.
O cliente vSphere que você usa não importa. Se você instalar o VMwareTools a partir do cliente, a versão do afaik dependerá do pacote no qual o ESXi, o VM, é executado.
De qualquer forma, tanto quanto é do meu conhecimento, o VMwareTools não instala / faz upgrade / downgrade. Como o Zoredache aponta, verifique se não há nenhuma solução de gerenciamento de configuração como o fantoche (chef, cfengine, algum cronjob ... o que for) impõe uma versão específica.