Eu acho que essa configuração faz todo o sentido. Haverá muitas mensagens Packet-Too-Big (PTB) entre os clientes e o gateway padrão, mas quando você usa o MTU jumbo na sua LAN, provavelmente faz isso porque há muito tráfego na LAN de qualquer maneira que pode se beneficiar com isso. . Alguns pacotes extras nem serão notados.
O que eu vejo é que alguns CPEs do consumidor enviam um tamanho de MTU de 1480 (ou 1472 etc) no anúncio do roteador. O impacto no tráfego da LAN não será muito (máx como 1,9%) e impedirá, pelo menos, mensagens PTB entre o gateway padrão e o cliente, embora eles possam vir de links ainda menores na Internet. Depende de onde estão suas prioridades, eu acho.
Eu pessoalmente sempre otimizo a rede e não me preocupo com as mensagens do PTB.