A melhor maneira é usar um diretório de sessão diferente para cada usuário / pool.
No php-fpm.d / www.conf (já alterado para alterar o usuário), e como explicado no comentário.
user = foo
; Set session path to a directory owned by process user
php_value[session.save_handler] = files
php_value[session.save_path] = /var/lib/php/foo/session
php_value[soap.wsdl_cache_dir] = /var/lib/php/foo/wsdlcache
Assim, esses novos diretórios não serão alterados na próxima atualização.
BTW, não há absolutamente nenhuma necessidade de mudar o usuário, você pode usar o nginx e manter o fpm rodando como apache (especialmente porque a maioria dos aplicativos da web empacotados confiam nisso)