Assumindo Linux: defina o valor de ENCRYPT_METHOD em /etc/login.defs para MD5.
Como posso forçar o comando passwd a usar o hash MD5 e não usar o crypt? Eu preciso obter o comando passwd para falar com o servidor ldap (o que ele faz) e usar o MD5 quando eu mudar as senhas para os usuários.
Defina o seguinte no seu arquivo /etc/login.defs
:
MD5_CRYPT_ENAB yes
Você também pode usar o comando authconfig da seguinte forma:
authconfig --enablemd5
Basta pesquisar na página do manual.