Talvez sua instância mongodb tenha sido encerrada inesperadamente e você tenha bloqueios antigos e o banco de dados esteja em estado inconsistente.
Como você já imaginou, inicie o mongoDB com o --repair
flag, mas depois disso você precisa reiniciá-lo novamente sem ele.
Verifique também se todos os processos foram realmente finalizados ou se você não conseguirá ligar o servidor na mesma porta. Eu recomendaria executar netstat -tulnp
e verifique se não há nada escutando na porta 27017.