Um bug relacionado a isso foi corrigido na versão qemu 1.2.0 . O Ubuntu 12.04 tem uma versão antiga do qemu, mas se você instalar o qemu-img do código-fonte
user@ubuntu:/tmp$ sudo apt-get install libglib2.0-dev
user@ubuntu:/tmp$ wget http://wiki.qemu.org/download/qemu-1.2.0.tar.bz2
user@ubuntu:/tmp$ tar xfj qemu-1.2.0.tar.bz2
user@ubuntu:/tmp$ cd qemu-1.2.0
user@ubuntu:/tmp/qemu-1.2.0$ ./configure && make qemu-img
a conversão é executada sem erros
user@ubuntu:/tmp/qemu-1.2.0$ cd /tmp
user@ubuntu:/tmp$ /tmp/qemu-1.2.0/qemu-img convert -O qcow2 PfamWeb_20120124_2-disk1.vmdk PfamWeb_20120124_2.qcow2
user@ubuntu:/tmp$