Eu procurei por essa mesma coisa (integração de aplicativo unix remoto com o Windows Desktop) e a resposta curta é "bem, mais ou menos."
Se você estiver na LAN com o servidor, poderá usar o X-forwarding simples no estilo XDMCP ou simplesmente especificar o DISPLAY para estar diretamente no servidor X do seu desktop e iniciar aplicativos em um servidor X11 do lado do cliente como o Xming. O último é o que mais me encontro fazendo.
Tanto quanto eu posso dizer, não há estrutura de integração de aplicativos sem costura que usa o VNC. O protocolo RFB do VNC é muito eficiente na transferência de dados de exibição, mas não faz muita coisa; sem sincronização de buffer de copiar / colar, sem transferência de arquivos, sem áudio e sem integração de gerenciamento de janelas.
Se você tem alta latência entre a origem e o destino, o NX é uma espécie de método de cache e compactação sobre o X11, que pode eliminar muito da latência percebida e reduzir significativamente a largura de banda. O NX suporta um modo contínuo em sua estação de trabalho e produtos superiores, que eles chamam de "Modo de Janela Flutuante", mas que não está disponível nas versões gratuitas do NX até onde eu sei.