O Protocolo de árvore de expansão é uma técnica para atenuar problemas com um loop na topologia de rede.
A menos que você esteja absolutamente certo de que não haverá loops em sua rede, o STP será útil. Às vezes, loops podem acontecer devido a erro humano e tem o potencial de derrubar uma rede.
Eu pessoalmente experimentei esse tempo de inatividade causado por um simples cabo Ethernet entre dois switches.
Eu geralmente mantenho o STP ativado, pois a sobrecarga é mínima e as redes podem ficar muito complexas à medida que crescem.