Um arquivo MSI é um pouco exagerado para apenas implantar um único arquivo. Eu provavelmente usaria as Preferências de Diretiva de Grupo ou até mesmo um simples script de inicialização.
Lembre-se de que, para usar as Preferências da Política de Grupo, você deve primeiro implantar as Extensões do Cliente para que possam descartar essa opção para você.
Provavelmente, a opção mais fácil é modificar seu script de inicialização (ou criar um, se você ainda não tiver um) para simplesmente copiar o arquivo para a máquina, se ela ainda não existir. Se o arquivo mudar periodicamente, você também pode gravar algo no registro para acompanhar a versão atual no sistema e atualizar, se necessário.