Se eu fosse você, deixaria tudo como está. O Split DNS é uma opção de infraestrutura perfeitamente válida e, em alguns casos, facilitaria a vida ao alternar entre o escritório e a empresa. na estrada, se for necessário.
Por exemplo, usando o DNS dividido, você pode apontar o Outlook para o mail.company.net. Isso permitiria que você recebesse seus emails internamente via MAPI e via RPC / HTTP ou Outlook Anywhere quando estivesse fora do escritório - tudo isso sem ter que reconfigurar o Outlook. O mesmo vale para os registros do serviço de Descoberta Automática do Exchange 2007/2010 - supondo que você esteja usando o Exchange, ou seja,
Caso contrário, se você quiser prosseguir com a renomeação, não acho que o nível funcional do domínio afetará o resultado ou a execução do processo de renomeação. Fiz várias renomeações assim como migrações do AD no nível funcional de 2003 sem problemas. Eu faria isso antes do upgrade e me certificaria de que tudo está em ordem e livre de erros antes de passar para um domínio de 2008.