Eu finalmente encontrei uma solução para isso, embora por acidente. O lançamento do audacity via pasuspender na verdade conserta o problema do menu do HUD por algum motivo. E faz isso consistentemente, toda vez. Então, lançando o Audacity com o comando:
pasuspender audacity
o globalmenu / HUD é reintegrado. Além disso, o Audacity é muito estável como resultado.