O ntpdate é obsoleto em setembro de 2012; aparentemente, o ntpd agora tem a capacidade de fazer atualizações únicas, se necessário, e o ntpdate é baseado em código ntpd "longamente negligenciado". (Notícias para mim, desde que meu sistema tem ntpdate mas não ntpd! Eu vou consertar isso atualmente; obrigado por fazer esta pergunta.)
Quanto à diferença entre atualizações contínuas versus atualizações periódicas, acho que os trade-offs são o que você esperaria; ajustes contínuos mantêm melhor precisão ao longo do tempo, o que pode ser importante para bancos de dados e MailDir (veja o mesmo link). Mas é claro que isso exigiria um pouco mais de tráfego de rede (presumivelmente insignificante para troca de timestamps simples) assim como uma conexão de rede sempre on-line, um pequeno consumo de RAM e CPU, etc. Mas todas essas desvantagens são mínimas em um ambiente de computação moderno; No geral, duvido que haja boas razões para substituir o cron pelo ntpd.