Não há como consertar isso. Eu suspeito que isso seja um subproduto de como o processo de salvamento funciona em alguns programas.
Em vez de simplesmente escrever por cima do arquivo existente, eles serão salvos em um novo arquivo temporário, renomearão um pouco as coisas e, finalmente, excluirão o original. Isso lhe dá alguma segurança adicional. Se o seu computador travar enquanto seu salvamento está acontecendo, o original ainda deve existir, e você provavelmente terá a nova versão disponível como um arquivo temporário, então, teoricamente, você não perde nada. Para programas que simplesmente sobrescrevem o arquivo, se uma falha ocorrer durante um salvamento, você poderá perder tudo.
Eu suspeito que durante a operação de salvar / renomear seu link está sendo removido. Eu não acredito que haja algo que você possa fazer sobre isso. Você vê o mesmo comportamento com as ACLs definidas explicitamente nos arquivos.
Eu tenho visto muitos programas que usam esse tipo de procedimento de salvamento, isso não é apenas o MS Office.