Acontece que eu copiei os arquivos que eu tinha na configuração anterior. E a subpasta que não estava funcionando tinha web.config onde um php-cgi.exe diferente foi especificado.
Basicamente, agora tenho o sistema de 64 bits e o executável do php está em C:\Program Files (x86)\PHP\v5.3\php-cgi.exe
. Descobri isso no Gerenciador do IIS indo para a pasta que não funciona e abrindo Mapeamentos do Manipulador e verificando o valor de PHP_via_FastCGI
. quando notei o executável antigo em C:\Program Files\PHP...
Obrigado pela sua atenção :) espero que isso ajude alguém.