Na verdade, isso é abordado nas perguntas freqüentes da Microsoft sobre o DFS. A resposta é, depende. Principalmente sim, mas não recomendado, se estiver usando a replicação. O DFS-R é feito para replicar principalmente arquivos estáticos. Os documentos dos usuários mudam muito e o DFS-R pode não ser eficiente na replicação das mudanças.
link Veja a pergunta, "Posso usar o DFS com arquivos offline e redirecionar Meus documentos pastas? "