Você está usando DNS dividido? (meu palpite é não)
O servidor DNS está do outro lado configurado para resolver consultas DNS para qualquer domínio ou apenas para o seu próprio?
Você consegue acessar o servidor DNS no outro lado da VPN?
Você está tunelando todo o tráfego IP ou apenas tráfego específico?
As ferramentas de DNS normalmente usam o servidor DNS da interface em vez de consultar o sistema operacional (onde o cliente VPN da Cisco consome seus dentes). Isso faria com que as ferramentas de DNS funcionassem, mas tudo o mais falharia. A melhor coisa a fazer é configurar o DNS dividido. Isso irá especificar os domínios que devem ser resolvidos no outro lado da VPN. Quaisquer outros domínios serão resolvidos para o que você configurou nas configurações da interface.
Se você não puder configurá-lo, defina seu servidor DNS para resolver todas as consultas (tenha cuidado com isso e certifique-se de fazer isso)
Se você não conseguir resolver as consultas DNS no servidor do outro lado da VPN, descubra o motivo. Muito provavelmente você não está especificando o tráfego correto para o túnel.