Tente ftpshut , é suposto trazer o servidor para baixo graciosamente. Há um artigo aqui sobre como usá-lo com o proftpd.
The ftpshut command provides an automated shutdown procedure that a superuser can use to automagically disconnect current proftpd connections, and deny new connections. The command creates a control file as /etc/shutmsg to inform proftpd processes about an impending shutdown.