A única maneira de ver é iniciar um servidor no Amazon EC2 e gerenciar remotamente uma ferramenta de cópia neste servidor.
O tráfego de dados entre o EC2 e o S3 é gratuito e um pouco mais rápido do que acessar a Internet pública. Tenho certeza que não há nenhum comando de 'mover' da conta para a conta no S3, então o que você está fazendo é baixar o arquivo para o seu PC e fazer o upload dele novamente para a nova conta. Isso seria feito mais rápido & mais barato dentro dos datacenters Amazonas, ou seja, de EC2 para S3.
Se você não quiser comprar software para isso, que tal estocar uma instância do Windows ou XWindows Linux EC2 e usar o S3Fox Organizer? plugin para o Firefox?
Se isso não funcionar para você, você deve ser capaz de criar scripts com um dos muitas ferramentas S3 disponíveis .