Estou assumindo que você tem tudo em um único repositório. Isso torna as coisas muito mais fáceis.
Isso é surpreendentemente mais fácil do que você imagina:
svn mkdir /svn/path/Server/branches/
svn mv /svn/path/Server/ProjectA/branches/ /svn/path/Server/branches/ProjectA/
svn mv /svn/path/Server/ProjectB/branches/ /svn/path/Server/branches/ProjectB/
svn mkdir /svn/path/Server/trunk/
svn mv /svn/path/Server/ProjectA/trunk/ /svn/path/Server/trunk/ProjectA/
svn mv /svn/path/Server/ProjectB/trunk/ /svn/path/Server/trunk/ProjectB/
Você pode querer fazer uma cópia do seu repositório para testar primeiro antes de tentar isso no seu repositório real.