Isso deve ser feito para você:
for /f "tokens=1-3 delims= " %%d in ('net config workstation ^| findstr /c:"Workstation domain"') do set machinedomain=%%f
Em seguida, %machinedomain%
conterá o domínio. Note que "domínio da estação de trabalho" é sensível a maiúsculas e minúsculas.