Assim que o cliente tiver um bom endereço, ele poderá se conectar e, nesse momento, será relatado TODOS os endereços. Não tenho conhecimento de qualquer maneira de mudar esse comportamento.
Você pode impedir que as mensagens NO_CLIENT_SITE ... 169
sejam registradas se você adicionar uma sub-rede para 169.254.0.0/16 à configuração de seus sites. Realmente não importa o que isso aponta.
Ou analise o log de maneira um pouco diferente. Algo como:
get-content netlogon.log | select-string -notmatch "NO_CLIENT_SITE: \S+ 169\.254"
Backslash Capital S Plus
é uma expressão regular que corresponderá a um ou mais caracteres não espaciais, o nome do cliente, neste caso.