A melhor maneira de fazer isso seria colocar links para todos os sites em um diretório específico e fazer algo assim:
<VirtualHost *:80>
RewriteEngine On
RewriteMap lowercase int:tolower
# if already rewitten and we have the right path, stop right here
RewriteRule ^(/where/your/sites/are/[^/]+/.*)$ $1 [L]
RewriteRule ^(.+) ${lowercase:%{SERVER_NAME}}$1 [C]
RewriteRule ^(www\.)?([^/]+)/(.*)$ /where/your/sites/are/$2/$3 [L,E=VHOST_ROOT:/where/your/sites/are/$2/]
</VirtualHost>