O CSVDE pode ser usado para exportar e importar (adicionar) apenas dados de objetos, o LDIFDE pode ser usado para modificar e excluir objetos do AD e suporta o preenchimento de senhas que o CSVDE não faz (entre outras coisas).
O LDIFDE não é realmente um superconjunto do CSVDE, é uma abordagem diferente, com muito mais poder e complexidade. O CSVDE é útil porque geralmente é muito mais fácil manipular os dados brutos do formato CSV, mas é muito mais limitado. Se tudo o que você quer fazer é adicionar um monte de usuários em uma UO, então o CSVDE fará o truque, mas se você quiser modificar um monte de propriedades para a coleta de objetos, então o LDIFDE é o caminho a percorrer.