Em termos de desempenho, tudo se resume ao tipo de controlador que você está usando. Velocidade do processador, cache, etc. Assumindo que você está comparando maçãs com maçãs e o controlador de 24 portas é mais rápido com o dobro de cache, não haverá nenhuma diferença significativa com o tipo de tráfego você está falando.
Eu recomendaria dois arrays menores para redundância. Se, por algum milagre, um controlador começar a falhar (ou seja, corromper dados no disco, por isso não será imediatamente óbvio), então você não perdeu tudo.
Idealmente, se você tem um fornecedor de hardware realmente amigável, veja se consegue obter os dois e fazer seus próprios testes. Na pior das hipóteses, você pode ter que pagar uma taxa de reabastecimento para devolver o que você não usa, melhor caso - sem custo ou apenas retornar o envio:)