Independentemente do que você usa, certifique-se de que ele use o diário de mudanças NTFS para que ele não esteja "pesquisando" efetivamente o filesytem. Um "robocopy / MON", por exemplo, não usa o diário de mudanças NTFS, de modo que acaba apenas "pesquisando" o sistema de arquivos.
Eu tenho um cliente usando o SureSync para replicar alguns milhões de arquivos grandes e pequenos (cerca de 1,5 TB) para um computador servidor de arquivos de "hot standby". Isso funciona bem para eles. Ele usa o diário de alterações do NTFS para acompanhar as alterações no volume. Ele suporta compactação delta e uso de uma interface de rede dedicada para comunicação entre servidores. (Eu não tenho nenhuma afiliação com a empresa; eu apenas gosto da ferramenta.)