A maioria significativa do software de som no Ubuntu agora espera a presença de pulseaudio. Existem alguns problemas históricos com o skype, que podem ser corrigidos para alguns novos clientes skype (eu vi muitos relatos de que este é o caso, mas outros indicando que não é, e suspeito de um processo contínuo de correção de bugs pelo skype). O problema com o VLC é conhecido, e espera-se que tenha sido corrigido na próxima versão do Ubuntu 11.10.
Manter o pulseaudio instalado é altamente recomendado, para integração com os vários aplicativos de gerenciamento de áudio instalados em todos os tipos de Ubuntu (incluindo o som indicador), que são configurados para usar o pulseaudio como back-end. Se você for afetado por problemas com a integração entre o pulseaudio e outros aplicativos, a solução mais fácil é usar o pasuspender, por exemplo, pasuspender -- skype para suspeitar temporariamente de pulseaudio durante a execução do skype, restaurando o comportamento normal quando o skype sair.
Infelizmente, não existe uma maneira segura de trabalhar tanto o desktop quanto o skype: se o pulseaudio for removido, o Skype se ligará ao ALSA, bloqueando a ligação de outros aplicativos (incluindo alertas, etc.). Às vezes, o plug-in dmix da ALSA é recomendado como uma forma de contornar isso, mas isso limita o suporte a um subconjunto do descrito como "suportado" pelo Ubuntu e se depara com outros problemas com várias interfaces de áudio (como para usuários que têm Fone de ouvido USB para telefonia).