Depois de um pouco de googling que encontrei abaixo do snippet de código do partman-auto-lvm, parece que se a receita do lvm detectar a partição / boot no LVM, ela resgatará embora seja perfeitamente possível ter o / boot no LVM. De acordo com minha pesquisa, antes do GRUB 2 você não podia inicializar a partir do LVM, então você precisava de uma partição de inicialização primária separada.
# Make sure a boot partition isn't marked as lvmok
if echo "$scheme" | grep lvmok | grep -q "[[:space:]]/boot[[:space:]]"; then
bail_out unusable_recipe
fi
Uma solução alternativa seria especificar nenhum ponto de montagem e fazê-lo manualmente a partir das telas de configuração, o que acaba com o propósito da instalação autônoma em algum grau.