Isso não é algo que você possa fazer com o CloudFormation, pois seu envolvimento para na definição dos grupos de escalonamento automático - ele não consegue ver as instâncias iniciadas pelo ASG. Grupos de escalonamento automático também não oferecem uma maneira de fazer isso.
Em vez disso, você pode garantir que suas instâncias executem algo na inicialização para se registrarem na Rota 53. Esta postagem fala sobre usar o Chef para fazer isso, mas você pode fazer a mesma coisa em um script independente.