Como você deve ter adivinhado, há vantagens e desvantagens de usar seus próprios Servidores de Nomes em comparação com os registradores do seu provedor de hospedagem e do seu servidor de domínios (se o provedor de hospedagem & e o registrador de domínios forem duas entidades separadas).
Em qualquer um dos três cenários, sim, no final do dia, tudo se resume aos "recursos da empresa" de quem você está usando. Mas algumas empresas são maiores que outras e têm mais recursos do que outras. Ao mesmo tempo, essas empresas maiores são mais vulneráveis (visíveis) ao ataque (ataques DDoS, por exemplo).
Há também a chance de que alguém possa digitar uma alteração na configuração de um desses grandes provedores (pense: infame da Amazon em abril de 2011 Interrupção ou Interrupção recente de DNS do GoDaddy .
No final das contas, minha opinião é de que não há muita diferença entre o provedor de hospedagem e o registrador de domínios se eles são entidades separadas, A MENOS QUE você esteja trabalhando com um provedor de hospedagem pequeno que não ter o know-how técnico, mas acho que eles fazem. (Eu enfatizo isso, porque há vários provedores de hospedagem menores que certamente sabem como gerenciar seu DNS apropriadamente).
No entanto, o seu provedor de hospedagem pode ter vários recursos que se integram perfeitamente em um "Gerenciador DNS", que se integra facilmente aos seus serviços como provedor de hospedagem. Eu não consigo pensar em bons exemplos fora do topo da minha cabeça, mas isso seria uma boa razão pela qual poderia fazer sentido ir com o provedor de hospedagem vs. o registrador.
Isso responde à sua pergunta (eu acho), mas aqui estão alguns pensamentos relacionados que eu tenho sobre o assunto de hospedagem de DNS (autocomputador vs. registrador de domínio x provedor de hospedagem):
Não estou dizendo que as empresas que auto-hospedam seu DNS estão vulneráveis aos problemas que GoDaddy experimentou no início deste ano também. No entanto, eles são alvos menores, e vamos encarar: ninguém valoriza o site de uma empresa tanto quanto você (o proprietário) faz. Você vai retirar todas as paradas para colocá-lo de volta online.
Minha preferência pessoal é gerenciar nossos próprios servidores DNS, porque temos o conhecimento necessário para mantê-los operacionais e trabalhamos para garantir a redundância, caso um dos servidores DNS falhe. (Mas também somos um provedor de hospedagem, por isso só faz sentido fornecer essa oferta).
Fora desse viés, também sou da opinião de que as empresas que possuem o conhecimento técnico devem estar dispostas a hospedar seu DNS pelas razões que já mencionei acima. Sou um grande defensor disso e, no final das contas, coloca o controle do domínio nas mãos do proprietário, que é onde deveria estar.