VirtualDocumentRoot /var/www/sites/%1/ está olhando a primeira parte do nome - assim, para something.domain.com , está usando something e, para www.something.domain.com , está usando www , o que não funciona muito bem.
Algumas opções diferentes:
-
Use o
somethingcomo o diretório que está procurando nos dois casos; em vez da primeira parte do nome, veja o penúltimo:VirtualDocumentRoot /var/www/sites/%-3/ -
Mude para o nome completo e crie um link simbólico (veja a resposta de Michael):
VirtualDocumentRoot /var/www/sites/%0/