Dependendo da maneira como seus aplicativos são configurados, você poderá ver a conta de usuário incorreta inspecionando todos os processos em execução no servidor e ver quais contas de usuário estão sobrecarregando a CPU. Algo parecido com isto:
ps -eo pcpu,pid,user,args | sort -k 1 -r | head -10
Espero que seja tão simples quanto um processo de espaço do usuário que está abusando de privilégios conhecidos e nada como uma caixa raiz que precisa ser apagada e reconstruída. Pronto o lança-chamas.