Não há como evitar que o Nmap mostre essas informações, a não ser para enviar as impressões digitais como o The Unix Janitor sugeriu em seu comentário. Nesse sentido, você poderia tentar usar a última versão do Nmap (5.51 ou 5.61TEST5); mais de 700 novas impressões digitais de serviços foram adicionadas desde a versão que você está usando.
Para remover a saída indesejada dos seus resultados de verificação, experimente este one-liner Perl:
perl -ne 'if(/NEXT SERVICE FINGERPRINT/){$f=1}else{$f=0 if $f and not /^SF/}print unless $f'
Isso tira as impressões digitais. Se você está preocupado em analisar a saída, eu encorajaria você a usar a saída XML, já que a estrutura da saída normal pode mudar de versão para versão.