É bem provável que o aplicativo que faz a digitalização para PDF ainda não tenha deixado de lado as alças de arquivos para esses PDFs. Daí porque uma reinicialização conserta coisas, já que o aplicativo é descarregado da memória e todos os manipuladores de arquivos são perdidos.
Portanto, pode ser necessário forçar a eliminação do processo do aplicativo de verificação do Gerenciador de Tarefas ou usar algo como LockHunter para desbloquear o arquivo manualmente.
Se não forem soluções viáveis, verifique se o software de digitalização em PDF não tem uma atualização disponível do fabricante ou se você não pode usar a funcionalidade interna de digitalização do Windows que pode ser um pouco mais robusto (mas só disponível para JPG, eu acho).