Você sempre pode encontrar os arquivos no seu sistema usando o banco de dados de localização, como este: locate -i filename . No entanto, no caso de pacotes, às vezes, a navegação é mais útil. Desde que você instalou o pacote usando o apt-get, você pode obter uma lista de todos os arquivos pertencentes ao pacote e onde eles foram no sistema da seguinte forma:
dpkg -L php-pear
No entanto, esse é apenas o sistema global de pacotes do pear e os fios que o conectam ao php, eu não acho que isso inclua todo o arquivo de projetos do PEAR. É provável que você precise instalar pacotes PEAR específicos para cada coisa que você precisa fazer. Eles estarão no repositório de pacotes ou você precisará usar o instalador do pear para buscá-los.