Parece-me que o seu daemon mysql não está escutando em uma porta TCP. Sua saída netstat mostra que o mysql está escutando em um soquete do domínio UNIX no inode 41322 (arquivo /var/run/mysqld/mysqld.sock).
Você não mencionou o seu sistema operacional, mas estou assumindo o Linux usando o sinalizador -l para o netstat. Para mostrar todas as portas TCP e UDP e os daemons usando-os no Linux, execute netstat -ltunp
Algumas instalações padrão do MySQL possuem "skip-networking" no arquivo de configuração, geralmente /etc/my.cnf ou /etc/mysql/my.cnf. Comente essa opção se estiver presente e reinicie o daemon.