Corrigido. Não temos cotas ativadas, mas de alguma forma esses dois conjuntos de sites foram bloqueados. Administração Central - > Gerenciamento de aplicativos - > Cotas e bloqueios do conjunto de sites. A configuração "Informações de bloqueio do site" foi definida como Somente leitura para os dois conjuntos de sites. Não sei como isso aconteceu, mas quando colocamos os dois de volta para "Não bloqueado", recuperamos privilégios.
Originalmente adicionado como um comentário por minameismud . Relocou sua atualização para uma resposta, então essa pergunta não aparece mais como não respondida.