Você pode usar a ferramenta de linha de comando rrdgraph para gerar gráficos usando os arquivos rrd que o MRTG gera. Você pode inspecionar o arquivo rrd e ver em quanto tempo ele está consolidando os dados, se isso acontecer somente depois de um dia, você perderá a resolução desejada. Então, basicamente, eu faria para onde o MRTG armazena os modelos rra e os modelos de gráficos rrd.
Isso pode levar um pouco de tempo, mas como o RRD é a biblioteca / conjunto de ferramentas gráficas de backend para MRTG, Cacti, Munin, etc., vale a pena aprender. Eu escrevi sobre algumas coisas que você pode querer fazer ao criar seus próprios gráficos na Falha do servidor blog aqui .
Espero que alguém mais familiarizado com o MRTG possa fornecer mais detalhes sobre seu problema específico com o MRTG.