Você pode fazer isso executando o comando xargs através de um shell - isso permitirá redirecionar a saída - algo assim:
find blah -type f | xargs -I{} -P 4 -n 1 sh -c 'yourcommand --input {} > {}.output'
... você provavelmente terá que ajustar um pouco - xargs substitui {} pelo item / arquivo em que está trabalhando