Verifique a conectividade de rede - execute um ping contínuo e verifique se você tem um problema ao mesmo tempo. Mabe você realmente não tem um problema de banco de dados, mas um no nível da rede. Os únicos casos (2) que eu conheço desse comportamento foram relacionados à rede (driver de porcaria e REALMENTE Sobrecarregado - às vezes - 10mbit link).