Resposta curta - sim. Você pode usar o MDT, criar uma instalação obrigatória do ZTI e ir embora. Há um monte de pré-requisitos (ordem pxe definida no BIOS, sem passordes no boot pxe) e considerações para fazê-lo dessa maneira, mas é possível.
No que diz respeito à melhor maneira de implantar, você precisa realmente avaliar as necessidades do seu ambiente. Não há melhor resposta para isso. Na seção de documentação do MDT, na seção de informações, há um capítulo sobre planejamento de implantações que contém todas as listas de verificação e considerações que você precisa examinar ao planejar uma implantação.